Действия идут с начала второго сезона.

Коноха:
Жители деревни живут своей жизнью. Сакура, Наруто и Сай, получают задание от Цунаде, в поисках преступников Скрытого Тумана Забузы и Хаку (которые оказываются в живых), после их пленения расчититывается получить больше информации об Акацуках, с которыми по слухам те имели счастье видется, и даже иметь общее задание.
Команда Куренай, выполняет задание по спасению близлежайшей Страны Чая от нашествия насекомых. В случае провала жители рискуют остаться без урожая.
Команда Асумы в свою очередь увлечены собственным поднятием уровня, как ниндзя. После длительных тренировок, решается кого-то из них (помимо Шикамару) поднять в ранге до чунина.
Команда Гая также выполняет задание: отправлены как послы доброй воли в деревню Скрытого Песка, узнать последние новости и передать послание от Казекаге Цунаде.
Экзаменаторы в команде и по отдельности отправляются на поиски организации Акацуки.

Суна:
Гаара, в качестве Казекаге принимает гостей, Темари и Канкуро заняты налаживанием мира между Песком и Кири.

Ото:
Орочимару и его правая рука полностью поглощены в изучении свойств Саске и захватом его тела. Сам же Учиха, собирает свою команду, чтобы отправиться на поиски Итачи.
Пятерка звука должна остановить его команду, ввязавшись в бой.

Акацуки:
Заняты поиском джинчуурики, и пара Кисаме/Итачи отправляются в Страну Земли, чтобы разыскать зверя.
Сасори/Дейдара решают навестить деревню Скрытого Листа.
Бессмертная пара Какудзу/Хидан уходят в Страну Ветра, по одним им известным причинам.

Сюжет далеко не окончательный, примерные рамки даны, а дальше возможна доработка.